Toda a ação de Rogue Squadron 3D acontece entre os filmes Guerra nas Estrelas e O Império Contra-Ataca. A história acompanha a evolução do Esquadrão Rogue durante os meses que se seguiram após a destruição da Estrela da Morte. São quatro capítulos e dezesseis missões . Umas são de reconhecimento, outras de escolta ou de resgate. Em outras, o jogador terá que localizar e destruir o inimigo. Algumas missões também exigem mais de uma operação e, inclusive, acontecem em novos cenários como por exemplo, missão em Kessel.

O jogador deverá enfrentar as forças do lado negro tanto em combates aéreos diretos como em combates ar-terra. A seu favor, o jogador tem a experiência de Luke Skywalker e o comando de naves incríveis como a X-wing , a A-wing , a Y-wing , a Airspeedder , e a V-wing . Também a seu favor, o jogador tem um forte armamento, pois a maioria das aeronaves do jogo é equipada com dois canhões blasters.
Além dos canhões, cada aeronave tem uma arma secundária, que pode tanto ser um torpedo de prótons, como uma bomba, um cabo rebocador ou um míssl. Fora essas, o jogador ainda pode adquirir, ao longo do jogo, tecnologias que melhorem o desempenho das armas disponíveis.

Requisitos mínimos de Sistema:

Micro: Pentium 166 (Pentium MMX 200 recomendado)
Memória: 32 MB
Espaço livre: 50 MB
Vídeo: Placa aceleradora 3D necessária; PCI ou AGP, 4MB RAM.
Drive: CD-ROM de quádrupla velocidade
Windows 95 ou 98